Bir biyoteknolojik üretim sürecinin ekonomik analizi, ürünün hammaddeden üretimine kadar geçen süreçte ihtiyaç duyulan birçok faktörün değerlendirildiği karmaşık bir işlemdir. Bu analiz, fabrika yerinden teknoloji seçimine, kullanılan hammaddenin miktarından pazardaki tüketim miktarına kadar üretim sürecini etkileyen tüm faktörleri içermelidir. Ekonomik değerlendirme süreci temel olarak iki ana başlığın belirlenmesi ile başlar. Bunlar yatırım ve işletme maliyetleri olarak bilinir. Her iki başlık için üretim sistemi sürecinin, ekipmanın, kapasitelerinin ve gereksinimlerinin tanımlı olması gerekir. Kapasitelerin belirlenmesi aşamasında üretim akışının her basamağında kütle denkliği önemli bir araçtır. Kütle denkliği hesaplamaları ile her bir aşamada ihtiyaç duyulan ekipman kapasiteleri belirlenir. Kapasiteleri belli olan ekipman için fiyatlandırma işlemleri yapılır.
Ekipman maliyetleri için ihtiyaç duyulan kapital ile toplam yatırım maliyeti tahmini ve hammadde maliyetleri kullanılarak işletme maliyetleri tahmini gerçekleştirilir. Bu süreçte enerji ve işçilik maliyetleri gibi başka verilere de ihtiyaç duyulabilir. Toplam yatırım maliyetleri, üretim maliyetleri ve pazardan elde edilebilecek gelirler göz önünde bulundurularak sistemin kârlılık ve duyarlılık analizleri gerçekleştirilir.
Kütle denklik işlemleri aynı zamanda biyoteknolojik üretim sürecinin ürünle beraber yan ürün ve çevreye verdiği diğer atıklar konusunda değerlendirme sağlar. Bu bölümde biyoteknolojik bir üretim sürecinin ekonomik ve çevresel değerlendirme parametreleri ve süreçleri incelenecektir.
