Dermatofit Tanısında Kullanılan Moleküler Yöntemler: Nested PZR

Tüm enfeksiyöz patojenlerde olduğu gibi fungal enfeksiyon etkenlerinin tanıları da ilgili patojenlerin vücutta meydana getirdiği hasarların tedavisini planlamak açısından çok önemlidir. Günümüzde hem dünyada hem de ülkemizde çok yaygın olarak görülen, Epidermophyton (Cilt fungusu), Microsporum (Deri küfü) ve Trichophyton (Atlet ayak) cinslerine ait olan ve “dermatofit” olarak adlandırılan mikrofungus türleri, insan vücudunda hidrofobik bir protein olan keratini hedef alarak deri, saçlı deri ve tırnaklar başta olmak üzere vücut yüzeylerinde dermatofitoz enfeksiyonlarına neden olmaktadırlar. İnsanlarda tutulum gösterdikleri vücut dokularında yapısal deformasyonlar, kızarık–pullu–kaşıntılı– kabarık deri döküntüleri, saçlı alanda saçsız alanların oluşması, tırnaklarda kalınlaşma–renk değiştirme ve tırnakların zamanla kaybı gibi sonuçlar meydana getirmektedirler. İnsan vücudunda enfeksiyon oluşturdukları dokulara göre “Tinea enfeksiyonu” olarakta adlandırılırlar. Dermatofitoz enfeksiyonuna sahip hastalardan alınan doku parçası ya da kazıntı gibi klinik örneklerin incelenmesi kapsamında geleneksel kültür yöntemi ile saf kolonilerin elde edilmesi, elde edilen kolonilerden uygun kimyasallar ve boyalar kullanılarak preparat hazırlanması ve bu preparatların direkt mikroskopi ile incelenmesi tür teşhisinde çok önemli bir yer tutmaktadır. Ancak geleneksel yöntem besi yeri inkübasyon süresinin 14–28 günü bulması, besi yeri kültür ortamında tüm optimum koşullar sağlansa bile anlamlı üremenin meydana gelmemesi ve kültür ortamının kontamine olabilmesi gibi risk faktörlerinden dolayı günümüzde tek başına yeterli değildir. Bilimsel klinik çalışmalar hastaların
semptomlarına uygun olarak alınan klinik materyalde etken mikroorganizmanın en doğru–en hızlı–en güvenilir identifikasyonunun, başta Real–Time PCR (Polymerase Chain Reaction) olmak üzere, moleküler genetik tabanlı yöntemler olduğunu göstermektedir. Bu bölümde klasik PCR, Real–Time PCR ya da diğer adıyla qPCR (Quantitative Polymerase Chain Reaction), Multiplex Real–Time PCR, n–PCR (Nested Polymerase Chain Reaction), RT–PCR (Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction) gibi moleküler yöntemler kullanılarak dermatofitlerin Aktin, ATP6, Beta–Tubulin, IGS, ITS, Kalmodulin, NTS, RPB ve TEF–1α başta olmak üzere çok sayıda barkod gen bölgelerinin spesifik olarak taranarak klinik materyalde dermatofit varlığının belirlenmesi, varsa cins ya da tür düzeyinde tanılama süreçleri konularına odaklanılacaktır.